崔永元和方舟子纷争的焦点是近年来的"转基因食品".对于转基因,崔永元站在普通大众的角度,认为我不了解的东西,那么我可以选择不吃,我不愿意做第一个吃螃蟹的勇士,这是我的权利.但是小崔口中的选择权利却招致方舟子的炮轰,他在微博回应小崔:"你没有资格质疑,应当创造条件让国人可以天天吃转基因食品."
作为知名主持人,崔永元的大胆之言和执着一向出类拔萃,面对方舟子的反击与其在微博上展开论战,两人也从单一的转基因食品是否安全话题转移到对个人人品的质疑,崔永元就曾在微博中对方舟子向央视告状自己一事表示:"假装在网上和你辩论,私下向你单位偷偷告状,告状的频率是每周一告或每天一告,单位与你核实用一天或一周,如此这般,周而复始,恶心."
日前,正在美国拍摄转基因纪录片的崔永元意外发回一段个人视频,视频中的他言辞激烈,表示:"在推广转基因技术这方面,我觉得其实我们看到了另一个方舟子,这个方舟子有点利益熏心,这个时候他开始不讲逻辑不讲方式,甚至不讲科学的方法,也不讲科学的规律,就是一个懂一点科学的一个市民混混,甚至我说难听一点,就是一个文痞甚至流氓,就是这样一个角色."