祭坛遗址上下三层，自上而下分别为圆丘形土筑遗迹和一小一大两层方台形石构基址。祭坛最底部的石构基址边长约90米，其整体高度超出现地表8米左右。专家认为这座祭坛遗址上下三层的结构、祭祀坑及祭品等遗迹遗物，表明4000年前黄河中游地区（尤其是晋陕高原）古代中国人的社会结构及其宗教、文化等文明要素已十分发达。
考古队还通过在外城东门两侧城墙区域的发掘，发现一套包括城墙、马面、角台在内的完整防御体系，雄伟壮观、气势恢宏。加上祭坛、祭祀遗迹以及皇城台夯土基址、池苑遗址的发现，深化了对石峁遗址性质的进一步认识，也为明晰石峁遗址的功能区划提供了可靠的考古学材料。
石峁遗址属于新石器时代晚期至夏代早期遗存的主要遗存之一，为中国文明起源形成的多元性和发展过程提供了全新的研究资料，曾因规模宏大以及在古代文明发展史上的重要地位，获得过世界重要田野考古项目。它也是中国考古发现最早的土石结构城防设施实物，将中国现存土石结构城防设施的年代提前了2000多年，入选2012年十大考古发现。