至于元蒙统治者所尊奉的儒学思想内容，大体说来不外乎是宋朝理学，尤其是程朱理学的思想内容。从当时科举考试的主要内容看，基本是从《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》四书中设问，而标准答案只能是朱熹的《四书章句》和《四书集注》。他如加试《诗经》，也用朱熹的注释本。加试《周易》，兼用程注及朱注。科举考试明文规定使用朱熹的注释，实自元朝始。这样一来，程朱理学便开始上升到官方学术的地位，思想文化界实际上完成了从经学向理学的重大转折，理学的独尊地位开始确立。 
　　元朝的重要理学家首推赵复和许衡。作为南方的儒士，赵复被元朝所俘。后经姚枢的救护，被送至燕京，遂居燕，讲学于太极书院，后隐居并终老于北方。赵夏至燕，以所学教授学子，从学者百余人。并将所记程朱所著诸经传注，尽录以付姚枢，解决了南北之间因道路隔绝，不通载籍而带来的困难，实际上他是将程朱理学传至北方的第一人。在其之前，蒙古人所接触的儒学只是从亡金儒士那里得到的章句之学，而赵复所传基本上是南方最新的学术，即程朱的理学宗旨。朱熹的学术思想之所以能在元朝立为官方学术，主要还是因为赵复的传播。至于他本人的思想见解，由于史缺有间，不太明晰，大体似乎是主张简易，以直求文王、孔子之用心；主张以"人心惟危，道心惟微，惟精椎一，允执厥中"为君子之学，以得圣人之心，以上于王道，而不应孜孜于流俗之事功；以国难家仇，严华夷之辨，隐居不仕，独善其身。 
　　赵复在元朝的影响颇大，尤其是他将所记程朱的诸经注释交付姚枢后，便便理学的传播有了明晰的线索可寻。姚枢退除后，将赵复之学传授下来。北方儒士许衡、刘因、郝经等才得以阅读程朱的著作并进而研究之。 
　　至于许衡，实为北方的一大名儒，但其先前所爱的儒学教育则基本上是金之落第老儒的"句读"之学。后来，他从姚枢处得读程朱遗书，大有所得，遂与姚枢、塞默相讲习。他长时期位居国子祭酒，以儒家六艺教授蒙古弟子，这对于保存以儒家思想为主体的汉族文化，促进民族间的文化交流，都有积极的意义。另外，他极力劝元朝的统治者力行汉法，促进了蒙古族的汉化进程。故而可以说他对元朝儒学的发展，尤其是宋儒的理学传播影响甚大，死后获得了从祀孔庙的殊荣。 
　　许衡的学术宗旨大体上是以朱熹之学为依归。他格外重视朱子的《小学》和《四书集注》，强调迸学的次序和践履力行。在为学方法上，他强调"慎思"，以为视之所见，听之所闻，一切都可归为一个思宇，"要思无邪"。在理欲问题上，他以为天理就在人的心中，以为直求本心即可得天理，表现出依违于朱陆之间的思想倾向。当然也意味着朱陆的合流或者说是理学的转折"。 
　　在当时，与许衡齐名的名儒有吴澄，人�"南吴北许"。吴澄是江西人，世代业儒，自幼用力于圣贤之学，直系宋代理学的端绪，自以朱票学术的传承者自居。其学也更加精微，尤其是他的道统说，主张道之大原出于天，突出圣贤之传道本于天的思想。他还根据《周易》元亨利贞的说法，排列道统的历史顺序，表现了其儒学的正统思想。吴澄在儒家经学上的贡献，主要见于他所著的《五经纂言》，这部书"尽破传注穿凿，以发其蕴，条归纪叙，精明简洁，卓然成一家之言。"特别是其中的《三礼》研究，实是完成朱熹的未竟之业，将《礼记》重新分类编次，从而使流传干年之久的历来号称难读的《仪礼》之着得见大概，确为经学史的一大贡献。至于其理学思想，主要以折衷朱陆为特色。他曾说�"朱子于道问学之功居多，而陆子静以尊德性为主。学问不本于德性，则其蔽必偏于言语训释之末，故学必以德性为本，庶几得之。"据此可见其对朱陆分歧的基本看法。当学者执经问难时，吴澄往往先令真主一持敬，以尊德性，然后令其读书穷理，以道问学，其意图在于使学者先反之吾心，而后；求之五经。其于天道，讲理气，认为理在气中，原本不离，理是气的主宰。而又以为为学之要在于心，主张反之吾心，体仁之本，敬为要；用仁之用，孝为首。孩提之童无不爱亲，此良心发见之最先者，苟能充之四海皆准。此处�"良心发见"说，多少透露出王阳明心学的信息。 
　　与许衡齐名并同列为"元北方两大儒"的是刘因。他终生未仕，隐居乡野，授徒以终。初从国子司业砚弥坚习经学之章句，但不满章句的训话疏释之华，以为圣人精义决不在于此。及得赵复所传宋儒周敦颐、邵雍、二程、张载、朱熹、吕祖谦等人的著作，深为折服，以为邵雍至大也；周敦颐至精也；二程至正也；朱熹，极其大，尽其精，而贯之以正也。遂转向理学，推崇邵雍和朱熹，极力发挥邵雍的象数学和观物思想。至于其理学思想，虽自谓上承朱熹，属于朱学定的范畴，但他在服膺程朱理学的同时，并不严守门户，实也杂入陆，九渊反求诸已、自求本心的思想因素。如言天道，则把自然与社会的发展变化归于天地之心，天地之心即理，认为由理而有世界万物和人的生命，由理产生伦理纲常。主张人欲化为天理，其方法是当求于已，无待于外。其在经学上的贡献是提出返求六经及与此相关的古无经史之分的见解，以为《诗经》〈尚书》〈春秋》原本是史，只是后来由圣人删定才变成大经大典，此种议论实开明清儒家学者论经史关系的端倪。他一方面看到理学的思想价值，另一方面也清楚地看到理学家易患穿凿附会的毛病，即往往脱离经典原义而发空论，故而主张读书必先传注而后疏释，疏释而后议论。肯定汉唐疏释的合理价值，并欲以此来纠正宋儒的空疏。元朝著名的理学家除上述之外，还有郑玉和许谦。他们都是隐居不仕的儒家学者，思想及学术贡献也不尽相同。郑玉的理学思想与吴澄大体相同，折衷朱陆而又有点偏向于朱。他以《太极图说》和《西铭》作为学问的本原，以为《太极》之说是即理以明气；《西铭》之作是即气以明理。天地之大，人物之繁，无出理气的范围，故而二书之言虽约，但天地万物无不在其间，即以理气作为宇宙万物的本体。至于谈到朱陆之间的异同，郑玉认为，两家备有利弊，陆九渊之质高明，故好简易；朱票之质骂实，故好邃密。各因其质之所迸，故所大之途不同。至于仁义道德等人的方面，两人似乎并无太大的差异。因此，郑玉主张调合朱陆，欲吸收陆九渊的简易之说，以补朱熹后学忽视力行的毛病。他说，朱熹之学是教人为学之常，陆九渊之说，是才高独得之妙。前者之流蔽是缺少力行的功夫而流于空谈；后者之流蔽是有点像佛教之谈空说妙，而不能尽致知之功。许谦乃朱熹后学，由黄干传至何基，又传至王柏，而由柏传金履祥至许谦。何、王、金、许因人又被《宋元学案》称为北山四先生，实为宋元之际金华学派的基本构成。何基从学于朱熹及问弟子黄干，得闻程朱学术之渊源，确守师说，是朱熹的忠实信徒。其宗旨是熟读《四书》，而《四书》又以朱熹的注释为主。以为朱熹的注释义理自足，若添入诸家的思想，反而显�"缓散"。王柏与其师不同，好问难，不太盲从，对《尚书》、《诗经》、《大学》、《中庸》等儒家经典以及朱熹的解说，多有怀疑，并不以朱注为不可更易的定本。至于金履祥，对经史多有研究，也多有心得，毕生训释《尚书》，成《尚书表注》，搜集旧说，损益折衷，成一家之言。他如《大学》、《孟子》、《论语》等书，也对朱注多有核补。 
　　至于许谦，则坚持朱熹门户，以为儒学传至朱熹已大体完备，他曾说，圣人之学以圣人为准的，然必得圣人之心而后可学圣人之事。圣人之心具在《四书》，而《四书》之义，备于朱嘉。照他的说法，要理解圣人之心，最好的办法就是认认真真地读《四书》，故而被视为朱子学的正传。由于他长达四十年讲学于东阳，从学者干余人，对于推广和传播朱熹的学术思想功劳甚巨，在当时可与北方的理学大家许衡齐名，故有南北二许之称。死后被后世统治者极力褒扬，并被列为理学的正宗。所着《四书丛说》，以阐发朱熹学术思想为主旨，并用绘图的方式以明其说，在当时影响颇大。综上所述，元朝儒学的基本特色，是以程朱理学为基本内容而又有所发展，在发展的同时，实际上是以陆九渊的心学去补充朱熹学术思想之不足。这样一来，元代理学便呈现出调和朱陆的倾向，为此后理学的发展提供了新的机会和可能。因此，元代理学虽然没有多少新的思想贡献，但其在理学史、儒学史上的转折意义却值得重视。经过两宋时期理学化的发展，儒学完成了一次新的转折，重建了儒学的新体系，此即人们常说的新儒学。不过，新儒学的影响范围主要在北宋和南宋的统治区域，而当时与两宋先后处于分裂状态的辽夏金等由少数民族统治的区域并没有受到新儒学的及时影响。他们所接受的儒学影响基本上还是儒学的那些传统内容，只是到了元朝的时候，情况才有些微改变，两宋的新儒学即程朱理学和陆九渊的心学不仅开始在元朝的政治生活中发挥作用，而且儒学本身也有了新的发展。 
　　一、辽朝儒学 
　　辽朝自916年立国，到1218年西辽灭亡，前后经历了三百余年的时间。此期间，辽朝的统治者虽然也信奉佛教和道教，但儒学在辽朝依然获得了较　　大的发展。占统治地位的思想似乎是儒家学说。在辽朝立国之始，统治者就注意吸取汉族统治者利用儒学进行统治的成功经验，极力提倡儒学。尤其是辽朝的贵族群体，更加对儒学崇拜与信奉，尊孔子为"大圣 "，并不断向汉族统治区域派遣人员学习。辽太祖耶律阿保机公开主张祭祀孔子，以为孔子大圣，宜为万世所尊。 
　　与此同时，辽朝的统治者还注意吸收尊奉儒学的汉族知识分子加入他们的统治队伍，较早建立了一套完整的科举考试体系，以笼络汉族知识分子参与政权，巩固统治。 976年，辽景宗时下令恢复南京礼部试院，计划实行科举考试。至辽圣宗时，正式实行开科取士。各地也纷纷建州学和孔子庙，举国上下一片尊儒之声，一派儒家文化欣欣向荣的景象。 
　　到了辽朝的中后期，儒学的地位已有相当大的提高，基本上占据了统治阶级的意识形态。各地的孔庙一般都得到了很好的修缮，儒家学说也随之提升为施政的指导思想，开始具有一种法典的